Στους σκοπούς δημιουργίας και λειτουργίας του Κέντρου Μελέτης είναι η διεξαγωγή ερευνητικών προγραμμάτων, η μελέτη και δημοσίευση του υλικού των ανασκαφών της Ελεύθερνας, αλλά και η συμμετοχή σε ερευνητικά προγράμματα άλλων πανεπιστημίων της ημεδαπής και της αλλοδαπής.

Στην παρούσα φάση διενεργείται πρόγραμμα με τίτλο ” Έρευνα για τις σχέσεις της Ελεύθερνας με τον ευρύτερο μεσογειακό κόσμο κατά την Πρώιμη Εποχή του Σιδήρου” με επικεφαλής τον Καθηγητή Νικ. Χρ. Σταμπολίδη και ομάδα ερευνητών. Επίσης, από ομάδα Ελλήνων και ξένων ερευνητών διενεργείται διαλογή του πλήθους των οστράκων των ανασκαφών της Ορθής Πέτρας, αλλά και μελέτη υλικού. 

Σε συνεργασία με το Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο δημιουργήθηκε ειδική βάση δεδομένων για την χαρτογραφική και τοπογραφική αποθήκευση και επεξεργασία στοιχείων, ενώ παράλληλα εκπονούνται λεπτομερή σχέδια και αποτυπώσεις χώρων και μνημείων.

Ειδική βάση δεδομένων δημιουργήθηκε και για την αποθήκευση και πολλαπλή επεξεργασία του φωτογραφικού αρχείου των ανασκαφών που βρίσκεται σε εξέλιξη.
​
Όλες οι δράσεις του Κέντρου Μελέτης υλοποιούνται σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Κρήτης και τη Μεσογειακή Αρχαιολογική Εταιρεία.