Ο νότιος μακρόστενος χώρος του Μουσείου ανήκει στο Κέντρο Μελέτης. Πρόκειται για τη λειτουργία ενός χώρου αφιερωμένου στη μελέτη των ανασκαφών της Ελεύθερνας, της Κρήτης, καθώς και της μεσογειακής αρχαιολογίας και ιστορίας από ερευνητές (αρχαιολόγους, ανθρωπολόγους, αρχιτέκτονες, ιστορικούς, παλαιοβοτανολόγους κ.ά.) από όλον τον κόσμο.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης έχει την ευθύνη λειτουργίας του Κέντρου, καθώς και των αντίστοιχων ερευνητικών-επιστημονικών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων που εκπονεί.
Τα γραφεία του είναι εξοπλισμένα με βιβλιοθήκες, ηλεκτρονικούς υπολογιστές, φωτοτυπικό, scanner, εκτυπωτές κ.λπ., καθώς και χώρους αρχείων.
Στους χώρους του Κέντρου Μελέτης έχει οργανωθεί βιβλιοθήκη εξοπλισμένη με ραφιέρες βιβλίων που αφορούν στη μελέτη της Ελεύθερνας, της Κρήτης, του Αιγαίου και του Μεσογειακού χώρου, γραφεία για τους μελετητές με αντίστοιχο ηλεκτρονικό εξοπλισμό. Η βιβλιοθήκη σε πρώτη φάση φιλοξενεί βιβλία που δωρήθηκαν από τον Πρόεδρο και τα μέλη της Μεσογειακής Αρχαιολογικής Εταιρείας και συνεχίζει να εμπλουτίζεται.
